Contexte

Ce document est un document d’accompagnent de la ressouce cartographique sur la répartition des Courlis cendré Numenus arquata sur le site fonctionnel de la réserve naturelle nationale de Moëze-Oléron (latitude : 45.9, longitude : -1.15).

Ce travail repose sur la capitalisation de données de GPS miniaturisés fixés sur des Courlis cendrés (Numenius arquata) dans le cadre du programme de Baguage CRBPO PP366 de la réserve naturelle et les collaborations avec les programmes de recherche sur les limicoles LIMITRACK https://limitrack.univ-lr.fr/ du laboratoire LIENSs https://lienss.univ-larochelle.fr/Presentation-281 et du muséum d’histoire naturelle https://www.mnhn.fr/fr/la-recherche.

Les rendues cartographiques reposes sur 56 individus et environ 735 milliers de points entre 2015 et 2022. Les localisations précises sont traitées au regard des marées et de la journée (jour/nuit). Seules les données caractérisant une vitesse inférieure à 0.5 km/h ont été utilisées pour limiter les données des oiseaux en déplacement. Dans le but de limiter les valeurs parasites liées aux déplacements des oiseaux, sont retenues les données présentant un interval d’acquisition inférieur à 0.5 km/h pour la cartographie des localisations (points chauds) puis inférieur à 0.25 km/h pour les domaines vitaux (kernels).

Matériel et Méthodes

Les données ont été représentées sous deux formes.
1. Cartographie de points chauds sur une maille de 10x10m (gradient du jaune au rouge), les occurences de présence d’individus on été sommées en densité de points, puis transformées (log) afin de faciliter la lecture de la cartographie.
2. Enveloppe des domaines vitaux, traités individuellement via des kernels 95% (zone de présence globale) et 50% (zone principale de présence), chacune des enveloppe individuelles ont été fusionnées afin de représenter un kernel pour l’espèce.

Les conditons étudiées

Le cycle jour/nuit : le jeu de données a été découpé sur la base des heures d’éphémérides du lever et de coucher du soleil.
Les rythmes tidaux : le jeu de données a été stratifié sur la bathymétrie disponible via Litto3D de Géoportail et les hauteurs d’eau disponibles sur le Service hydrographique et océanographique de la Marine (SHOM).
Amplitudes tidales : pour distinguer les marées de hautes amplitudes des marées de faibles amplitudes, un seuil de 2.3m (calculé sur la base du zéro terrestre, équivalent + 3,57m du zéro hydrographique) a été retenu. Ce seuil subjectif repose sur le dire d’experts, la vasière intertidal n’étant plus disponible pour l’espèce.
Le cycle migratoire : le jeu de données a été découpé en 4 périodes : retour de migration post-nuptial (août-octobre), hivernage (novembre-janvier), préparation migration pré-nuptial (février-avril), estivage (mai-juillet).

NB : pour chaque traitement, le jeu de données est ajusté afin d’avoir un équilibre dans la représentation des domaines vitaux, les principales différences se font ressentir pour la condition jour et nuit (349 milliers de données de nuit).

Ce document a été compilé sur R version 4.0.5. Les analyses kernel se basent sur le package adehabitatHR selon la méthode Least-square cross validation. Les cartes ont été produites via le package leaflet sur le fond ortho “HR.ORTHOIMAGERY.ORTHOPHOTOS” disponible sur l’IGN. La version HTML de ce domcument permet de naviguer sur les emprises du périmètre d’étude.

Cartographie

Cartographie générale

Vue d’ensemble sur les sites d’intérêt (n = 56, données = 734692)

Zoom sur Ile madame
Zoom sur Estuaire
Zoom sur Sud Estuaire
Zoom sur Nord Reserve
Zoom sur Reserve
Zoom sur Sud Reserve
Zoom sur Baie sinche
Zoom sur Fort Royer
Zoom sur Arceau
Zoom sur Doux
Zoom sur Nord Viaduc
Zoom sur Sud Viaduc
Zoom sur Brouage

Cycle jour/nuit

Vue d’ensemble de la répartition des individus au cours de la journée (blanc, n = 17 individus, données = 327895) et de la nuit (noir, n = 17 individus, données = 290144)

Jour                                                                                       Nuit

Jour

              Aout-Octobre                   Novembre-Janvier                       Février-Avril                             Mai-Juillet

Nuit

              Aout-Octobre                   Novembre-Janvier                       Février-Avril                             Mai-Juillet

Marées

Répartition des individus à marée basse (bleu clair, n = 17 individus, données = 203447) et à marée haute(bleu foncé, n = 17 individus, données = 287547)

Marée basse                                                                         Marée haute

Marée basse

              Aout-Octobre                   Novembre-Janvier                       Février-Avril                             Mai-Juillet

Marée haute

              Aout-Octobre                   Novembre-Janvier                       Février-Avril                             Mai-Juillet

Coefficients de marée

Répartition des individus à marée haute de faible coefficient (bleu, n = 17 individus, données = 154650) et à fort coefficient (violet, n = 17 individus, données = 25355)

Marée haute de petit coefficient                                           Marée haute de grand coefficient

Petit coefficient

              Aout-Octobre                   Novembre-Janvier                       Février-Avril                             Mai-Juillet

Grand coefficient

              Aout-Octobre                   Novembre-Janvier                       Février-Avril                             Mai-Juillet