Petit atlas de la repartition du Courlis cendré Numenius arquata sur le site fonctionnelle de la Réserve Naturelle de Moëze-Oléron

SINOQUET Anne & ROBIN Frédéric

03/06/2022

Abstract

L’utilisation de balises GPS sur les oiseaux connait un essor dans le monde de la recherche et de la conservation. La miniaturisation permet d’équiper des oiseaux de plus en plus petits. Depuis 2015, la LPO en collaboration avec les équipes de chercheurs du LIENSs (CNRS-Université de La Rochelle) et celles du MNHM, équipe des oiseaux limicoles de GPS pour mieux comprendre l’utilisation spatiale du site fonctionnel de la réserve naturelle nationale de Moëze-Oléron. La haute fréquence d’enregistrement de localisation aboutie a un gonflement important des bases des données et irrémédiablement à la difficulté de visualiser les données globalement. Ce travail traite cartographiquement la localisation des Courlis au cours du cycle annuel, considérant le rythme des marées, leur amplitude et le cycle jour/nuit.

Contexte
Matériel et Méthodes
- Les conditons étudiées
Cartographie

Contexte

Ce document est un document d’accompagnent de la ressouce cartographique sur la répartition des Courlis cendré Numenus arquata sur le site fonctionnel de la réserve naturelle nationale de Moëze-Oléron (latitude : 45.9, longitude : -1.15).

Ce travail repose sur la capitalisation de données de GPS miniaturisés fixés sur des Courlis cendrés (Numenius arquata) dans le cadre du programme de Baguage CRBPO PP366 de la réserve naturelle et les collaborations avec les programmes de recherche sur les limicoles LIMITRACK https://limitrack.univ-lr.fr/ du laboratoire LIENSs https://lienss.univ-larochelle.fr/Presentation-281 et du muséum d’histoire naturelle https://www.mnhn.fr/fr/la-recherche.

Les rendues cartographiques reposes sur 56 individus et environ 735 milliers de points entre 2015 et 2022. Les localisations précises sont traitées au regard des marées et de la journée (jour/nuit). Seules les données caractérisant une vitesse inférieure à 0.5 km/h ont été utilisées pour limiter les données des oiseaux en déplacement. Dans le but de limiter les valeurs parasites liées aux déplacements des oiseaux, sont retenues les données présentant un interval d’acquisition inférieur à 0.5 km/h pour la cartographie des localisations (points chauds) puis inférieur à 0.25 km/h pour les domaines vitaux (kernels).

Matériel et Méthodes

Les données ont été représentées sous deux formes.
1. Cartographie de points chauds sur une maille de 10x10m (gradient du jaune au rouge), les occurences de présence d’individus on été sommées en densité de points, puis transformées (log) afin de faciliter la lecture de la cartographie.
2. Enveloppe des domaines vitaux, traités individuellement via des kernels 95% (zone de présence globale) et 50% (zone principale de présence), chacune des enveloppe individuelles ont été fusionnées afin de représenter un kernel pour l’espèce.

Les conditons étudiées

Le cycle jour/nuit : le jeu de données a été découpé sur la base des heures d’éphémérides du lever et de coucher du soleil.
Les rythmes tidaux : le jeu de données a été stratifié sur la bathymétrie disponible via Litto3D de Géoportail et les hauteurs d’eau disponibles sur le Service hydrographique et océanographique de la Marine (SHOM).
Amplitudes tidales : pour distinguer les marées de hautes amplitudes des marées de faibles amplitudes, un seuil de 2.3m (calculé sur la base du zéro terrestre, équivalent + 3,57m du zéro hydrographique) a été retenu. Ce seuil subjectif repose sur le dire d’experts, la vasière intertidal n’étant plus disponible pour l’espèce.
Le cycle migratoire : le jeu de données a été découpé en 4 périodes : retour de migration post-nuptial (août-octobre), hivernage (novembre-janvier), préparation migration pré-nuptial (février-avril), estivage (mai-juillet).

NB : pour chaque traitement, le jeu de données est ajusté afin d’avoir un équilibre dans la représentation des domaines vitaux, les principales différences se font ressentir pour la condition jour et nuit (349 milliers de données de nuit).

Ce document a été compilé sur R version 4.0.5. Les analyses kernel se basent sur le package adehabitatHR selon la méthode Least-square cross validation. Les cartes ont été produites via le package leaflet sur le fond ortho “HR.ORTHOIMAGERY.ORTHOPHOTOS” disponible sur l’IGN. La version HTML de ce domcument permet de naviguer sur les emprises du périmètre d’étude.

Cartographie

Cartographie générale

Vue d’ensemble sur les sites d’intérêt (n = 56, données = 734692)

Zoom sur Ile madame

Zoom sur Estuaire

Zoom sur Sud Estuaire

Zoom sur Nord Reserve

Zoom sur Reserve

Zoom sur Sud Reserve

Zoom sur Baie sinche

Zoom sur Fort Royer

Zoom sur Arceau

Zoom sur Doux

Zoom sur Nord Viaduc

Zoom sur Sud Viaduc

Zoom sur Brouage

Cycle jour/nuit

Vue d’ensemble de la répartition des individus au cours de la journée (blanc, n = 17 individus, données = 327895) et de la nuit (noir, n = 17 individus, données = 290144)

Jour Nuit

Jour